Forskningsprogrammerne er højt prioriterede forskningsområder. De er organiseret på tværs af institutterne og i samarbejde med andre forskningsinstitutioner. Universitetet vil løbende have mellem fem og ti forskningsprogrammer.
Et forskningsprograms succes måles på, om programmet opnår dokumenterbar videnskabelig gennemslagskraft, om programmet genererer tilstrækkeligt stærke forskningsnetværk, og om programmet bliver økonomisk bæredygtigt. Spørgsmålet om at opretholde et forskningsprogram bliver afgjort ud fra en vurdering af, om programmet kan indløse succeskriterierne.
Programmerne ledes af en forskningsprogramleder, som er tilknyttet et af de institutter, der samarbejder om det relevante program. I samarbejde med forskningsdirektøren er det programledernes opgave at knytte forskere til programmerne og at udarbejde en plan for realisering af programmet.
